Ingénieur de recherche en bioinformatique (H/F) Université Claude Bernard Lyon 1

La mission principale de l'ingénieur de recherche en Bioinformatique sera de consolider le prototype de lac de données du projet Virome@tlas en collaboration et intéraction étroite avec le consortium. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (script bash, python) pour l'extraction, la transformation et le chargement des données (procédure ETL) au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT.

L'ingénieur participera au développement de procédures d'analyse reproductibles de données massives sur le cloud à travers des notebook (Jupyter, R) dans le but de répondre aux questions adressées par le consortium. La mission secondaire concernera la formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure au travers des Notebook et l'organisation d'évènements (Hackathon) ouvert à la communauté SHAPEMed@Lyon.

Activités Principales de l'agent :

• Participer au développement de l'infrastructure cloud du projet Virome@tlas (openstack, docker, singularity, notebook jupyter).

• Développer des procédures en python pour l'extraction, la transformation, le chargement des données dans l'infrastructure.

• Développer des notebook jupyter pour faciliter l'exploration de la diversité virale à partir des données SRA et SRA-STAT.

• Assurer la mise à jour du lac de données.

• Gérer la formation des membres du consortium et des étudiants.

• Participer à l'encadrement des étudiants impliqués dans le projet

• Gérer l'animation de Hackhaton pour l'utilisation de l'infrastrucrture.

• Résoudre ou faire remonter les incidents et optimiser les performances.

• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.

• Effectuer une veille technologique.

• Contribuer à l'assistance aux partenaires du projet.

Logiciels ou matériels spécifiques utilisés :
OpenStack, Pyarrow, S3, Google RPC, Notebook Jupyter, Docker, Python, R

Compétences attendues :

• Maîtrise des environnements Linux et des langages système (shell/bash).

• Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, gitlab).

• Maitrise des techniques Cloud et virtualisation (OpenStack, Docker, Kubernetes ou OpenShift).

• Maitrise souhaitable des outils de gestion de pipelines en Bioinformatique (Nextflow, Snakemake).

• Maitrise souhaitable des outils d'analyse statistiques multivariées sous R ou python.

• Compétence (appréciable) dan l'utilisation des outils de machine learning sous R ou python.

• Compréhension de l'anglais oral et écrit.

• Connaissance générale des procédures de sécurité informatique.

Connaissances :

• Connaissance des méthodes bioinformatiques d'assignation taxonomique.

• Connaissance des protocoles et des méthodes de séquençage en métagénomique.

• Connaissance des formats de données de métagénomique.

• Connaissances des bases de données en bioinformatique.

• Connaissance (appréciable) en microbiologie / virologie moléculaire

Savoir être :

• Capacité à travailler en mode projet avec une équipe pluridisciplinaire

• Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.

• Sens de l'organisation.

• Esprit d'équipe et sens de la collaboration.

• Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes

Poste à pouvoir dès le 04/11/2024

Le poste est ouvert aux contractuels de catégorie A - IGR

Rémunération mensuelle brute: 2935€

En rejoignant l'Université Lyon 1, vous pourrez bénéficier de :

• 48.5 jours de congés annuels, dès la première année universitaire, aménagement possible du temps de travail sur 4.5 jours, 37h30 / semaine, la possibilité d'avoir des jours de télétravail réguliers et/ou ponctuels, sous conditions,

• la participation au remboursement des frais de transport, forfait mobilité durable, aux frais complémentaire santé à hauteur de 15€/mois, ...

• l'accès à des prestations d'action sociale, accès aux services de la crèche et du centre de loisirs situés sur le campus Lyon Tech La Doua

• l'accès aux activités artistiques et sportives de l'université, tarifs préférentiels loisirs,

• possibilités de développement professionnel en interne (concours, mobilité, formation continue et parcours professionnel)

• restauration sur le campus avec une participation financière de l'université

L'Université Claude Bernard Lyon 1 est une université pluridisciplinaire. Elle déploie son activité sur 13 sites. Elle compte près de 46 000 étudiants/étudiantes et emploie 4 900 personnels.

L'Université Lyon 1 propose, depuis plus de 50 ans, une formation d'excellence et une recherche de pointe. En tant qu'employeur responsable, l'Université Lyon 1 s'engage à favoriser la qualité de vie au travail, l'inclusion professionnelle et l'innovation individuelle et collective.